그러나 완벽한 보안을 제공하는 것은 아닙니다. 난독화된 코드 역시 해독이 가능하며, 이는 보안적인 측면에서 절대적인 보호를 제공하지는 않는다는 것을 의미합니다. 따라서, 코드 난독화는 보안을 강화하는 방법 중 하나일 뿐이며, 다른 보안 수단과 함께 사용하는 것이 좋습니다.

더불어, 코드 난독화는 코드의 가독성을 떨어뜨리기에, 개발 및 유지보수의 어려움이 발생할 수 있습니다. 코드 난독화를 사용할 때에는 기존 코드의 품질 하락에 유의해야 합니다.